《魔界战记3》的游戏舞台是魔界学园“魔立邪恶学园”，主人公是在学园就读的魔王的儿子“玛奥”，故事讲述玛奥作为勇者打倒父亲的艰辛过程。
专门培养恶魔的“魔立邪恶学园”评判学生优差的标准就是学生的邪恶程度，而做事与恶魔身份相差甚远的学生则被视为差等生。我们的主人公就是学院的一位优等生，可谓是坏事做尽。然而，突然有一天玛奥决定要打倒自己的父亲，并宣布——“我从今天开始要作勇者！”。
《魔界战记》系列独特的游戏系统依旧会在本作中延续，而除此之外《魔界战记3》中还将新增加全新的“魔技能”和“魔变身”系统。
“魔技能”系统是所有登场角色都具备的特殊能力，分为初始便拥有的“固定魔技能”和“泛用魔技能”两种。魔技能通过装备而发生作用，其中包括种类繁多的强力技能。
“魔变身”是指在战斗中对怪物使用特殊指令后，可令其变身为武器。人类如果装备了这种武器，就可以使用怪物的固定技能，而且会提高自身的能力值。