《乐高星球大战3：克隆人战争》（LEGO Star Wars III: The Clone Wars）的故事内容非常接近动画版《克隆人战争》的剧情，不过游戏将有全新的战斗模式和独特的1对1战斗，以及增强的关卡编辑器，让玩家可以建设自己的个性化基地以及游戏中的战场。另外，你可以经过战斗获得新的技能，例如小队控制、光剑下切、光剑跳跃等，这意味着游戏性将进一步提高。
而《乐高星球大战3：克隆人战争》续用前作的操控方式，如果玩家在冒险的过程中遇到来袭的敌人时，可以使用光刀进行攻击。玩家在前往下一个检查点的途中，会遇到许多障碍物挡住去路，此时还可以施展“原力”移开物体。当然，“原力”也能使用在敌人或同伴身上，玩家不仅能利用原力把敌人举起来撞墙，也能将同伴移动到远方的平台上启动开关。因为游戏中充满着非常多需要同伴来解谜的关卡，若不能好好利用这个方式的话，玩家很容易就会被卡关了。
游戏收录了许多星球大战电影中所出现的经典攻击招式，像是光刀反弹雷射、光刀回旋镖等，玩家可通过这些攻击招式，重温曾陪伴自己渡过童年时光的星际大战。值得一提的是，在新作中还囊括了驾驶战机进行战斗的要素，体验来自外太空所带来的激烈空战。