《真人快打9》的游戏故事是紧接在八代《真人快打：末日战场》之后的情节，但时空背景会来到最初的一、二、三代的故事发生之际。故事主线会由雷神开始，就在绍康（Shao Kahn）要杀死他之际，他向过去的自己（一代）传递了讯息。接着故事就会回到一代的时空，雷神会尝试去了解自己所接收到的异象和讯息，以避免一连串将会招致大毁灭的事件发生，因此这次的故事背景虽然回归到前三代，但故事剧情却会有着大幅度的变化。
玩家在故事进行当中将会切换到不同的角色，开发者表示，在一般的动作格斗游戏中，通常故事是最容易遭到忽略的部份。但在本作中，不同的举动将会影响故事有不同的发展。
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