《忍者龙剑传3》的故事发生在2代之后,游戏将更多的聚焦展示隼龙性格中黑暗的一面,杀戮在《忍者龙剑传3》中不像系列前作那般轻易,游戏制作人称玩家在使用剑切过敌人身体骨骼时会感觉到剑得速度会变慢,Yosuke表示,“你会真实的感受兵器切过人体的那个过程。这其中还夹杂着骨头断裂的声音。相比2代中的肢解,我们这次更为注重的是砍人的感受。”