女娲补天时留下的一颗灵石被珍藏在天宫的女娲殿内，女娲因触怒天帝伏羲而被革去神职，女娲神殿也逐渐荒凉，不知为何，那个灵石掉落在神殿外一角。
一天，一只仙鹤从凡间带来一棵芸香草种子，机缘巧合之下，种子飘落到了灵石旁，并慢慢地发芽成长成一棵芸香草，还结出了种子。天上一天，人间一年，芸香草和灵石就这样“相依相伴”了不知多少岁月。忽然有一天风雨之夜，灵石为了保护芸香草，弃自身而不顾，将一身的灵气护于芸香草，而免去了芸香草被风雨的凌虐，自己却被狂风吹入了轮回道中，不久芸香草籽被风吹落人间，变成了精，一段三生情愿就此生根……
同时，自灵儿封印水魔兽，七年后，灵儿突然在蜀山出现，激发了逍遥的恋心，正在即将于灵儿相会之时，魔族掌旗使风璘出现，逍遥与风璘交锋数久，逍遥胜，风璘败，风璘尽拿出昏迷中的灵儿将要挟，无奈，逍遥只得听风璘所命——束手就擒并中了风璘一掌，已无力再战。
逍遥门下一12岁小徒弟，李碧霄，风璘也未想放过，被逼之下，碧霄跳下了万丈山崖，生死未仆……
此后，时间过去了八年，因为仙剑派李逍遥的失踪，派中已无强手对势，仙剑派最终不敌魔族之强势而落败，酒剑仙惨死，独孤宇云重伤不治，事后亦再无事迹，世间已被魔族占据了大半的自由，各大门派也因对抗魔族而遭灭门，魔族那独霸天下的野心就将实现，此时，正义之士为拯救苍生，将世间仅存的门派，合并为“剿魔剑派”共御魔族，其中以“五华剑派”最为庞大。
就在一夜间，血溅剑门，一翩翩少年声称要找“五华剑派”张剑山因勾结魔族而寻仇……
此少年是何人？张剑山有何与魔族勾结？李逍遥的结局究竟是何？他与灵儿的恋情是分是合？仙剑派一落败，世间的命运有需谁去拯救？
乱世又究竟与三生情愿是生是灭？
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