故事发生在西历1907年，为人们讲述了“不为人知”的历史。在工业革命之后，大量蒸汽机器“占领”世界，滚滚浓烟遮挡了天空。为了调查5年前发生的纽约“大消失”事件，少女艾丽西亚来到了这座已化为废墟的城市。
同时，另一名主人公，少女莉莉来到了纽约“地下”，本应消失的摩天楼和商业街竟完好的出现在眼前......