将军（THE BAD GUY，名字忘了……）利用职权命令并欺骗了Dead Echo，主角所在的小队，让他们杀害无辜市民来满足联邦各种需要。最后一次行动杀死了女主角的父亲，一个发现了将军劣行的记者。主角的小队在这次行动中发现了记者的文档，也知道了自己被将军所欺骗，与将军翻脸（这是游戏开始不久飞船坠落时发生的回忆）。
因此Dead Echo遭到了通缉（游戏开始时），遭遇战中发现了将军的飞船，主角由于醉酒且一向冲动行事，害死了2个队友，与幸存的另一个队友，一半身躯被电子替代的Ishi坠落到某星球（本游戏主战场），与此同时将军的飞船也被撞毁到这个星球。Ishi的电子脑部分属于联邦，也就是将军一派，所以游戏过程中一直在挣扎。他们要脱离星球，就要找到同时在星球执行任务的另一个联邦小队，也就是由女主角率领的小队，通过救援舱离开。
中间一段有些模糊（玩的太尽兴了就没心思看英语了……），大概是女主角的通讯设备损坏，要找到他的另一个队友，期间几人对话得知女主角就是那个记者的女儿，主角告诉他是将军下令杀死他父亲，但隐藏了是谁扣动的扳机。结果最后找到了将军的逃生舱，将军此时丢出砝码说他的救生船要在3小时后才能到，而这个星球的DNA炸弹将在2小时内爆炸，并趁机将女主角推下高楼（其实是因为同伴太多了，影响玩家游戏体验 = =）。3人经历了地下污染地带，这时将军也介绍了一些游戏背景，地下的变异生物都是平民被驱散到地下变异而成，所以主角杀的都是平民，以此来挑衅主角。主角，将军，Ishi3人到达DNA炸弹处，将军再次设计，让主角启动了DNA炸弹，并把主角2人锁在放置炸弹的房间内。在密室里绕来绕去，最后被女主角所救，她说是抓住了电缆逃生（我其实也早知道了 = =b）。
将军即将程飞船离开，几人争分夺秒登上了飞船，面临的是皮异常厚的士兵……女主角想亲手杀掉将军，所以亲自离开去寻找将军。几经波折最后4人终于对峙。女主角知道了真相，不过没有爆发……将军控制了Ishi(省略格斗场面)，最后Ishi阵亡，将军重伤。男女2主被弹射出飞船，最后靠将军原来的飞船的逃生舱加爆炸逃离了即将被DNA炸弹洗劫的星球。
Credit过后的黑屏对话：大致意思就是将军也通过电子移植手术存活下来，并改造了Ishi，伏笔由此产生。