二周目同样是以地区划分

◆难易度设定

通关后即可开启难易度设定，进入开始菜单后选择第四项伊修链接-第一项钥匙系统-第二项钥匙设定-第一项模式变更即可改变难度

黑版通关后可选择第三项挑战模式（变难）白版通关后可选择第一项援助模式（简单）

而钥匙设定的第二项是切换黑森白城

第三项是切换三马桶出现的场所

◆自己家

读取存档后出现在自己家中，良木博士的爸爸前来帮主角将图鉴升级为全国版

◆梦之遗迹（位于三洋市右边）

出现红水都（白2）/蓝水都（黑2），遇见后追着它们走即可，追到最后可与它们进行战斗，捕获后能获得掉落的心之水珠

◆17-18号道路

从水路走，有个地方上岸后发现有个道具在高地上，那个是火钢兽的石头，把石头带到反转山脉贝尔和你发现的那地方即可召出火钢进行战斗

◆冠军之路

第一次冠军之路大家上来的时候会看见有个索罗亚库挡在一个洞门口吧，现在已经可以去了，跟着索罗亚库走可以来到N之城的遗迹

而N就在里面，可与他进行战斗，战胜后他会将黑白龙化作黑白石送给你，把这石头带到龙螺旋塔顶端即可召唤出黑龙（黑2）/白龙（白2）进行战斗

捕获后前往巨大洞穴会发现冰龙，抓住后使用遗传因子的楔子可使他们**为黑/白冰龙

◆地底遗迹

帆巴市往上走可以到一个叫做ヤーコンロード的地方，里面一路向上在奈基山出口附近右边有一个洞口是通往地底遗迹的

进去后可以看到很多石像，上面会有一些提示，白天夜晚看到的提示各不同，合起来就是完整的提示「目玉から下に●步、右に○步（在眼球位置向下x步，向右x步）」

根据提示站在中间的红圈向下再向右走一定步数即可进入三马桶在的房间

你可以通过上述切换三马桶房间的方法切换2个房间，抓到2只马桶，第三只必须从其他版本传，之后带着3只马桶能找到马桶王

◆异乡人之屋（鬼屋）

山路镇往右上走能到一个叫ストレンジャーハウス（异乡人之屋）的地方，进去后会看到某女幽灵，在屋子深处可获得美梦神的羽毛

带着羽毛前往黑森白城左边的大桥羽毛会有反应然后美梦神出现

◆鹿子镇

前作老家，可拜访良木博士

到前作主角家中后前作主角妈妈会误以为前作主角回来了，发现认错后会告诉你前作主角一直在找N到现在还没回家（N大人你好残忍……前作主角好痴情，但为什么我们随便一找就能找到N……），二楼有王者证拿

另外博士研究所屋外有个男的会送你钓鱼竿

◆三洋市

前作的初始道馆彻底变为餐厅，在里面可以和三兄弟中的一位组队和另外两位对战

◆七宝市

在七宝博物馆里能遇到退休的芦荟大妈，会送你化石

◆涟漪镇

和前作一样能在春天和夏天与白菜姐对战

pc旁边劲敌能对战且会送你秘传机器潜水，打完后那个好贤者会出现并送你解读海底遗迹文字的东西，不过也不需要了，要去海底遗迹的话可以翻看资料区2年前的攻略

◆矢车森林

在入口处会遇到切林，和他一起进入矢车森林后会遇到七贤者之一的阿斯拉，之后切林送3d龙进化用的升级补丁包

◆p2研究所

来到前作p2研究所所在处发现等离子团护卫舰停靠在这里，进去后会发现卫星头肥猪流，可以和他对战，战胜后获得大师球

◆雪花镇

从雪花镇的pc往右走会发现暗之三位一体，可对战

◆算木镇

去阿爹哭的家可以和阿爹哭对战，战胜后他的孙子会出现并告诉你他在黑城的战斗塔里等你，可以前往进行挑战

◆心灵空洞

从立涌市往左走到20号道路再从右下冲浪即可到达心灵空洞，前往后会发现三圣菇，之后便会消失出现在世界各地

黄蘑菇在七宝市画廊前面

蓝蘑菇在23号道路冠军之路入口那里往左走

红蘑菇在天堂之塔顶层

◆冠军联盟

等级够的话就去第二次挑战冠军联盟吧，挑战完即算二周目通关

◆其他

其他就是满世界搜集搜集N大人的精灵啊，打打对战地铁啊，打打锦标赛啊，弄弄黑森白城啊，收集收集徽章成就啊，完成联机任务啊，去去梦世界什么的了。