背景
20世纪初，“贤者”组织成立，后筹集了一笔数额庞大的资金，“贤者们的遗产”。
1942年8月，美国陆军技术总部曼哈顿计划开始，宅代(Otacon)的祖父被安排参与此计划，实验却使得自己的儿子也就是宅代的父亲休伊(Huey)双腿残废。同年传说中的战士「先驱者」(The Boss)成立眼镜蛇(Cobra）部队，1947年该部队解散。
1950年，杰克(Jack)也就是后来的"Big Boss"成为"The Boss"的学生。
1960年索科洛夫博士在OKB-754研究所开始进行代号为“Shagohod”的研究。
1962年，古巴导弹危机发生。 The Boss在Tselinoyarsk的任务中被迫杀死她过去的情人The Sorrow。
1963年，电影《第三集中营》上映（该片与潜龙谍影3剧情有关）。
Big Boss时代
CIA为应付冷战时期的形势需要，组建一支以单独潜入手段完成特殊任务的作战部队，该部队命名为FOX小队。表面上作为该部队的实战试验，FOX参与贞洁行动。
1964年8月24日贞洁行动开始。作为FOX小队的一员，化名为裸蛇(Naked Snake)的Jack在汤姆上校(Major Tom)指挥下潜入Tselinoyarsk救援索可洛夫(Sokolov)。索可洛夫是苏联的科学家，研发了名为Shagohod的秘密武器却害怕它的力量，打算转投美国。蛇在行动中初次认识山猫(Ocelot)。蛇救出了索可洛夫，撤退途中索可洛夫却被头目(The Boss)抢去，蛇不敌被推下悬崖。眼镜蛇(Cobra)小队成员重聚，作为移动的导弹发射装置开发出来的Shagohod被沃尔金上校(Volgin)用直升机运走，沃尔金却以头目送来的无后座力核弹发射装置发射了一枚美国制核弹以致事态变得严重。
8月30日食蛇者行动开始，汤姆上校代号改为零(Zero)。蛇再次潜入Tselinoyarsk，任务是救援索可洛夫，摧毁Shagohod，并消灭眼镜蛇小队、沃尔金上校和头目。蛇结识了中国派来的特务艾娃(Eva)，以及后来登场的Metal Gear的发明者葛拉宁(Granin)。蛇从事件中了解到“贤者们的遗产”的存在，沃尔金想要拿到这笔钱。经过一番波折，蛇打败了眼镜蛇小队，消灭了Shagohod和沃尔金，并在最后决战中杀死了恩师头目。任务结束后，艾娃离开了他，留下的信件告诉他整个事件其实是“贤者们”在幕后操纵，头目不过是任务中发生意外，美国和苏联方面双方谈判决定牺牲她以证明美国清白。蛇受到政府嘉奖获得「大头目」(Big Boss)称号，却决定退隐离开FOX小队。
Sokolov被Fox小队的Gene救回美国，同时带上了Granin的Metal Gear设计图。 Gene获得了部分“贤者们的遗产”。 CIA获得Metal Gear设计图后命令Sokolov开发新型武器，命名为Metal Gear。 1970年代，苏联和美国的冷战军备竞争导致双方军费大增，双方签署和平协议并开始裁减军备。 CIA害怕苏联裁减军备后军力削弱会加快冷战结束而导致自己地位下降，打算将Metal Gear送给苏联以维护军事均衡。另一方面五角大楼由于CIA的地位巩固以及战略上的一些小动作感到不满，希望削弱CIA，便设计引发事端。
1970年11月2日，Big Boss被叛变的FOX小队抓获并囚禁在San Hieronymo Peninsula（实际上是五角大楼的计划），结识罗伊坎贝尔Roy Campbell。得知FOX小队被指派到此执行任务，却叛变并获得了政府的秘密武器Metal Gear。其首领Gene是所谓的“successor”(继承者)计划的产物，目的在于培养头目的继承者领导士兵。大头目俘虏美国及苏联士兵，组建自己的部队。行动中认识了Elisa，NULL(也就是后来的Gray Fox )等人。 Elisa是贞洁行动中核弹爆炸的受害者，因此十分憎恨核弹，但同时又是一个双重性格的人，并有预知未来的能力。 Elisa的另一人格驾驶Metal Gear RAXA攻击Big Boss，被Big Boss击毁。 Gene却说这不过是试验品，引发士兵自残后逃去。 Big Boss潜入导弹井，从敌人口中得知这次事件是CIA以及他们背后的“贤者们”策划的。在最后的控制室里，Gene打算启动Metal Gear(ICBMG)时被之前被认为已经死去了的Elisa阻止，Gene杀了她然后用备用开关启动了Metal Gear。最终Big Boss打败了Gene，Gene把用于建立“Army Heaven”的财产的胶卷交给了Big Boss，相信他日后会用到（后用于建设Outer Heaven）。但是ICBMG的启动无法停止，Big Boss与士兵一起攻击火箭，令火箭发生故障偏离航道，ICBMG在大气层中销毁。 Big Boss回国，Zero也解散了Fox。
1971年，基于Fox特种部队的行动特点，大头目成立猎狐犬(Fox Hound)部队。同年，大头目在越南河内救出艾娃。
零和山猫铲除了美国方面的“贤者们”势力，利用部分“贤者们的遗产”成立了“爱国者”（The Patriots）组织，以实践头目的理念。在山猫的极力推荐下大头目被引荐进入爱国者，其余的成员还有艾娃、技官(Sigint)、医官(Para-Medic)。但大头目的理念和零日渐产生分歧。 1972年，零执行“恐怖的孩子们计划”(Les Enfants Terribles/恐るべき子供达计画)，目的是制造一个大头目的代替品，固蛇(Solid Snake)和液蛇(Liquid Snake)即是这个计划的产物（但是大首领的完美克隆体中相蛇(Solidus Snake)却并不是这个计划的产物），固蛇和液蛇的母亲是Eva。 “恐怖的孩子计划”加深了大头目和零的矛盾，大头目脱离“爱国者”，以他所理解的“头目的理念”建立起“无国界军队”。零在大头目离开后，变得对一切都感到怀疑，不再相信别人。 [1]
1974年，冷战因美苏两国的力量平衡而暂时平静下来。带领其组建的“无国界军队”驻扎在哥伦比亚的大头目和米勒，迎来了两位客人：自称是哥斯达黎加国联和平大学教授，代表政府前来谈判的盖尔维兹(Ramón Gálvez Mena)， ；以及名为帕姿(Paz Ortega Andrade)的学生。盖尔维兹以类似＂头目＂(The Boss)声音的录音为引诱，让Big Boss答应帮助他驱逐驻扎在哥斯达黎加的CIA资助的部队。
蛇从FSLN的阿曼达和奇可口中得知敌人基地的位置及其中的“守护神”。潜入基地的蛇遇上名为寇曼(Coldman)的CIA长官，以及二足步行兵器的开发者休伊(Huey)博士。休伊告诉蛇他开发的PeaceWalker是由AI控制的可移动核威胁力量，最大特点是可移动性以及完全理性的判断。但是PeaceWalker还有AI部分未完成。在帕姿的朋友西赛儿(Cécile Cosina Caminades)的指引下，蛇找到了AI的开发者奇爱博士(Dr.Strangelove)以及“头目”---由奇爱博士开发，参照头目的人格思考制造出的AI。一番恶斗后AI再次逃脱，Big Boss追踪AI至PeaceWalker的工场被抓住。后来他逃出来却发现PeaceWalker已经完成，未能击败PeaceWalker并让寇曼带着人质帕姿和PeaceWalker逃跑出国。
Big Boss为阻止核弹发射来到尼加拉瓜的美军基地，发现这里被苏联军队控制着。站在他面前的寇曼声称将会给PeaceWalker输入假资料，让它误以为苏联发射核弹然后对苏联展开“反击”。盖尔维兹这时候突然出现，原来他实际的名字是Vladimir Alexandrovich Zadornov，是KGB的间谍；他假意投降CIA，利用美国的技术开发PeaceWalker然后据为己有。盖尔维兹命令帕姿射死寇曼，但帕姿并不愿意这样做。盖尔维兹打伤寇曼，打算利用寇曼输入指令，将目标改为古巴，让全世界以为美国主动攻击共产主义国家并借机控制中美洲。 FSLN和无国界军队及时赶到将敌人一网打尽。被俘虏的寇曼临死前启动了PeaceWalker，将假资料发送到美军司令部让美国误以为苏联发射核弹，然后让忠于任务的PeaceWalker发动反攻。 Big Boss击败了PeaceWalker却无法阻止其资料传送。这时模拟头目的AI作出了自杀的决定，控制PeaceWalker走向大海以阻止信号传送。
回到无国界军队基地的蛇，多次出动将逃亡的盖尔维兹抓回，最后发现原来这是为了让帕姿将Metal Gear Zeke改造成可以手动驾驶所制造的空档；而后帕姿驾驶Metal Gear Zeke想要毁灭无国境军队，说出自己其实是「CIPHER」派来的间谍，姓名、身分通通是伪造的；之后与蛇展开了战斗，最后帕姿战败坠海。
零利用奇爱博士的AI技术开发出“爱国者”的AI系统，并逐渐渗透控制世界经济、政治、军事等领域。大头目回到了美国，当上了猎狐犬(Fox Hound)的主管并暗中策划世外桃源(Outer Heaven)。