游戏开始前需要确定主角的名字，这里就使用默认的Desmond。游戏开始是一段关于前两部《刺客信条》的回忆。动画之后，古代的主角Ezio身处一场战斗之中。根据系统提示不断按鼠标左键，攻击敌人的首领。但是最后还是会被他躲开。接着镜头会切换。
1499年12月 IL Vaticano
按WASD控制角色的移动。控制角色朝前走，在前面金属杖那边会有动画。平台降了下去，同时主角的叔叔出现。按E键进入EAGLE VISON，就可以看到发光的指示物。跑过去，然后按住鼠标右键和空格键，还有方向键就可以爬上去。爬上去后按WASD来移动，向上爬。
爬上去后，一路跟着叔叔前进。按住鼠标右键可以跑动，按住SHIFT键可以推开路上的人群。
从屋子里面出来后会开始遇到敌人，按鼠标左键攻击，按住鼠标右键进行格挡。