战斗是关系到玩家生死存亡的大问题，通过战斗可以获取金币、货物、船只和提升本地区势力值，逐渐吞噬掉敌对势力。《大航海IV》中的战斗基本上都是即时海战，有炮战、甲板战和单挑。战斗中玩家又要开炮又要掌舵还要摇帆，真累死了，幸亏光荣考虑到了这一点在航海菜单中增加了半开功能，但即使如此要打好一场战斗还是太累，如果是装备了臼炮的战列舰当然可以先一通远射然后直接冲上去靠近打接舷肉搏。甲板战时所有的航海士都会参加与敌的决斗，根据胜败的比例来决定总胜负，刚靠近打接舷战时如果船上水手太少就会被一下干掉，根本别想看到对方的船长，如果冲撞到的敌舰正好是敌旗舰即开始单挑，单挑是考验主角的关键时刻，因此平时要尽量搞到最好的武器和防具给主人公装上，游戏开始时还应优先选择为主角增加HP的选项。

谈到海战最好尽量交给分舰队，他们的工作效率远比玩家的人手控制要高得多，yago通常都把战列舰配给分舰队作战，而自己驾一艘小船躲在地球的另一半遥控指挥，够阴的吧?当然，战斗并不能解决一切，击败敌舰或攻陷敌基地后还需要玩家亲自到港口里去作投资才能在此地站住脚跟。有的港口被敌人百分之百控制，进入后会看到右边的港口状态栏中出现红色的百分之百控制数值，这种情况下玩家无法获取契约或夺得控制权，只有出海对该港口进行炮轰，打到港口投降后再进来就发现敌方控制度略低于百分之百，而己方也至少获得了百分之一的控制度，赶紧到总督府去大肆投资(一次全金额投资可上升20%控制度)，这时只要你投资就可以压低敌方的控制度，进而逐渐夺取整个港口的百分之百控制度。当敌人与己方都在港口有控制度时应及时在此投资将敌人势力赶出去，对非敌方势力垄断的港口就没有办法了，除非主动对其宣战，否则你的船别想委任航行通过此港。另一方面，如果你切断了敌人的生命线，他们也会来炮轰由你完全控制的港口，所以应尽量多到总督府投资军事建设，提高己方港口的武装度，港口武装度高了就可对来犯的敌舰还以猛烈火炮，当你在远方时能看到有快讯报道敌人企图攻击己方港口但却被轰得落荒而逃。攻打敌港口一定要注意，如果投降了还继续开火，或者港口控制者不仅敌人一家那你可就倒霉了，整个港口的居民都会仇视你，所有的行会、酒场等设施都不对你开放，只有乖乖卷铺盖滚蛋吧。对于有敌人舰队盘踞的敌方老巢玩家不要轻易过去，如果在那里又有第三方的势力存在可能无法委任分舰队前去执行街攻击，此时可以到附近大港口的行会去用计将敌舰队调虎离山，或者扩充旗舰舰队的战斗实力后御驾亲征。