大陆的历史，人与神的争执。人类最终亵渎了神，居然对帮助人类的精灵王扎伊进行审判。裁决之日，精灵巨兽带着愤怒降临于世，将伊利昂文明毁灭。死亡让争乱告一段落，但是因愤怒而化的精灵巨兽仍然存在于世。多年之后，神秘的殿堂，艾雷斯和温蒂妮正在讨论着水蓝的移动造成的一切，精灵巨兽的再现让恐慌再度降临到移动的水蓝之上，这一切促使水蓝城必须立刻移动，而艾雷斯必须带着自己的旅行团命之旅团迎接新的考验……
第一章：精灵巨兽
大陆历776年，名城水蓝之上，莉芙等人正在准备移动水蓝以躲避精灵巨兽的到来，但是却突然遭受到来自反叛军的袭击，一颗神煌弹正好击中了一行人所在的位置，但是这个没有爆炸的神煌弹带来的却是反叛军的进攻，轻松击败这一批反叛军之后，莉芙发现水蓝已经停止了移动，原因可能是作为水蓝移动动力的荧石矿在神煌弹的攻击下脱落了，只有前往水蓝的核心将荧实矿放回去才有将动力恢复的可能。但是他们想不到的是，这个却是反叛军的计划，另一股力量已经来到了水蓝准备夺取荧石矿。
艾雷斯带着莉芙和焰来到水蓝的核心外，为了避免不必要的战斗需要尽量避开正在交战的反叛军和水蓝的守军(前进的时候注意看左方的探测仪，上面的数字表示遇敌的百分比，上方的水晶就是存盘点，以后的游戏过程中均为有水晶的地点可存盘，本文会在可存盘的地点提示)。从民房区通过广场，过暗巷，正要靠近水蓝核心，却看见反叛军的亚修手里拿着荧石矿正要离去，莉芙等人正要追上去，但是却被一大群反叛军拦住，艾雷斯让莉芙去追拿走荧石矿的人，自己和焰留下来对付那些王国军，莉芙知道事态的严重，当即追了上去(场景切换后有存盘点)。
追上了亚修，他这个时候正好会合了炎狼反叛军第四突击队队长卡琳·费克斯，激动的莉芙为了能够拿回荧石矿立刻移动水蓝，几言之下和亚修动起手来，将其击败后他居然使出了幻兽术，变身后的他不再是莉芙所能对抗的，仅一击莉芙就被击倒。但就在这个时候，精灵巨兽比预计的时间更早地来到了水蓝城上空。在这个时候开动水蓝已经没有任何的意义，莉芙直接上前面对精灵巨兽，可是她又怎么可能是精灵巨兽的对手，很快地莉芙败给了精灵巨兽，就在绝望之际，一个神秘的声音响起，将幻化兽的力量注入了莉芙的体内，变身的莉芙终于战胜了精灵巨兽(这一战有些靠运气，因为精灵巨兽可以连续地攻击，如果一次不行的话就多试几次，就能击败它了)，但是水蓝城却很快被反叛军占领，而莉芙也和当初的精灵巨兽一样失去了踪迹，没有人知道精灵巨兽的诅咒有没有结束。
第二章：征程
10年后，大陆历776年初冬，水蓝领事馆内，卡琳传达反叛军军师西尔迪的指令，将军用游击艇改成游艇以让反叛军树立在人民心中的形象。而艾雷斯、焰和莉芙组成的命之旅团再次回到了水蓝。
另一方面，帝国士兵通知亚修前往领事馆接受炎狼反判军军师西尔迪的新任务。过控制区外围向右直走，过桥后就是领事馆。但是这一回却是很棘手的事，反叛军首领沙迪克被俘，裘卡出现。原来沙迪克是为了艾佛伦铁面公爵才留在那里的，并且告诉大家不要在乎肯恩背叛的事情，并且利用时间差把一封信送给肯恩。肯恩是反叛军在热砂沙漠的接头人，要去罪人之塔救人就必须联络他。这一次以亚修为首的第四小队的任务就是去热砂沙漠救人。前往的方法是将水蓝开到南方群岛，通过南神柱再去热砂沙漠。
与此同时，罪人之塔，反叛军首领沙迪克可押到了一个王国四将军幻兽使奥塔面前，但是她居然不是要为难沙迪克，而是给出条件让沙迪克去摧毁罪人之塔。
一夜之后，水蓝已经靠近了南方群岛。亚修和卡琳来到码头见到军师，军师西尔法对亚修和卡琳交代了注意事项后两人正式前往南神柱。离开水蓝之后不远就是南神柱。在南神住入口利用卡琳的特技--开锁，就可以将入口的魔法锁解除。进南神柱(有存盘点)之后可以利用的这里的商店稍微整备一下，然后准备开始第一次艰苦的旅程。整个南神柱总共有六层，沿着道路一直向上走，到达顶层后亚修突然一阵触动，说他自己好象曾经来多这里。正在这时，南神柱开始剧烈地震动，南神柱守护神出现了，多说无义，一战难免。不过这一战不变身的话要取胜是基本不可能的，建议升到15级以上，然后使用亚修的幻兽变身就能比较轻松地获胜。
战胜守护神之后，卡琳开始抱怨军师，可是她不知道他们的军师正在很爽地打喷嚏。在又一阵震动之后，亚修和卡琳被传送到热砂沙漠。
第三章：灭虫重遇
热砂沙漠的入口就好象是南神柱的另一端。同样向下下6层之后就是热砂沙漠，但是这热砂沙漠一片黄沙，连一条道路都没有，该怎么走呢？正在一筹莫展之际，一个叫露雅的蒙面人来到，他说自己是旅行于世界各地的行脚商人，有一种借助风力的办法可穿越沙漠。但是他的要价却是10000元。天啊，现在亚修和卡琳哪有这么多钱啊！在卡琳和他一阵讨价还价之后，他终于答应可以用东西来作为交换。在给了他两瓶灵气之酒后两个人乘风离去。
可是这露雅的方法却完全没有安全系数，就在去克拉斯镇的路上，两人突然撞到了沙丘。亚修和卡琳昏了过去。在昏迷中亚修看见自己与一个绿发姑娘一起烤火，而那个姑娘却将自己那鲁。在梦中一阵悯语之后，亚修醒来了，他发现自己和卡琳已经在一个大房子里，原来亚伯村的村民救了他们，亚修这才知道之前自己中了沙虫幼体的毒，是村民们救了他。刚弄明白是怎么回事，村长就进来了，但是想不到的是村长把他们当成是旅团的人，希望他们能帮忙消除这里的沙虫之灾。虽然卡琳有些不愿意，但是最后还是答应了下来。
出屋子去村中的繁华区，这里唯一能进的房间就是村长的家，和他对话后就可接受任务--去村外西北方向将沙虫的母虫消灭(离开先去村子中央最大的房子，这里有存盘点)。回开始的房间，一切准备好之后就可以出发了。在村子的最下面就能够来到沙虫的洞穴，不过这里的敌人都是毒物，小心为上哦！
从洞穴第二层的分岔路向右走，中途会看见一堵墙上有洞穴的地图，稍微记一下继续前进，从下向走，到尽头就是母虫的巢穴，但是此时沙虫并不在这里。就在卡琳准备给这里下些毒药的时候，大沙虫突然回来了，迎战之中莉芙等人来到，众人一起击败沙虫(如果亚修和卡琳的实力足够强的话，在莉芙等人来之前就能击败沙虫，但是建议把时间脱到莉芙来之后，这样经验值嘛……呵呵)后寒暄了几句就返回了亚伯村。
回村中找村长拿到奖励3000元之后，卡琳却开始为钱怎么分发愁了。亚修和莉芙却在这时聊起天来，最后两个人还打了个赌，结果莉芙赢了，亚修以后得帮她实现一个愿望了(感情就是这样炼成的啊)。之后回那个大房间中，众人为这3000元的分法争起来，最后亚修出注意说以炎狼的名义雇佣莉芙的旅团，这样问题总算解决了。
第四章：沙漠迷宫
从房间里出来，在莉芙询问是否可以出发后就可以走了(这里注意一下离开村庄的位置没有固定的位置，到村外的时候位置是随机的，而且出去后不能再回村，所以出村前记得存盘，而且把装备已经物品整理好)。出村后就将面对热砂沙漠，这沙漠是一个迷宫，而且里面的怪物都很难对付，战斗的时候注意相互补血，利用队员的长处战斗，等级高一点了还可以在这里练级。这里提示一下沙漠的走法：沙漠迷宫由九幅左右的地图来组成，单纯想一个方向走是走不出沙漠的，而且有很多地方即使往回走也不相同。走的办法是看风的方向，注意屏幕下面都有风流动的方向，其实是风吹动黑色的雾，紧跟风的方向走就能够到达克拉斯镇。
其实只要你记得先前那坑人的商人说的话，这方法你就很容易明白。
第五章：克拉斯镇
穿过了让人发疯的沙漠，终于到达了沙漠中的繁华之城克拉斯镇。心急的卡琳一点也没有休息的意思，就要到酒馆中去找接头人肯恩。亚修和莉芙并没有一起跟去，到处转悠一下吧。在两个小时后重新会合，但是莉芙却出人意料地主动要和亚修约会，她借口说买土特产而把亚修拉了出去，但是市集上的一棵仙人掌却让亚修似乎想起来了什么。
在约会的过程中，莉芙向亚修说出了他的配枪的秘密，她说那是她姐姐的配枪，配枪对于旅团的人来说是生命，为什么姐姐翡翠没有把枪还回旅团，而枪又是怎么在亚修的手上呢？她怀疑是亚修杀了她姐姐，但是她面对失去了记忆的亚修，却没有办法证实。就在莉芙疑惑的时候，卡琳回来了，她说已经知道怎么去罪人之塔，但是因为前往的洞穴不能用带热源的发光体照明而只能用萤石，可是最后的萤石在沙迪克那里，所以他们只能摸黑过去。卡琳还说沙迪克已经被确定被关在罪人之塔第七层。知道这些情况后，就去准备一下，准备出发吧。出旅馆后再从右边出口出去，来到一条竖着的街，再往下走就可以来到洞穴的入口。
第六章：黑暗深穴
进入洞穴后才发现这里面不是一般的黑。不过卡琳的夜视能力发挥了作用。这里的路不难，一直向前走就可以了。在前进的过程中莉芙找机会向亚修道歉，说自己不应该因为自己太担心自己的姐姐而胡乱猜疑亚修。一向沉没的亚修倒是没有介意，但是再向前走一段时间卡琳的夜视能力就因为洞穴内实在太黑而没有作用了。不过这时就该莉芙发挥些作用了。因为莉芙想起圣灵仪式所用的’圣者石座’就是荧光石矿结晶，而她可以让荧光石发光。有了莉芙就就继续前进吧。
过了洞穴的直道，能够自由移动之后，会发现面前有两条路可走(左边的道路上有存盘点)。走左边就是前往洞穴的最深处。在尽头会看见一些商人，可以在这里进行补充(这里有存盘点)。之后从这里过去就是扎哈矿坑。
扎哈矿坑是一个迷宫，走这里有一个诀窍，就是在第一个分岔路时一定要走左边，走右边的话就会进入一个循环的道路，而且完全没有规律，只有你一直向前走才能回到开始来的地方，但是之后需要再回到这个岔路上来往左边走。从左边的道路进去一直走下去就到达了罪人之塔。
第七章：罪人之塔
出了洞穴，走过一小段路之后就进入了罪人之塔，敌人不是很多，而且对付起来也不是很难。往下走(有存盘点)，通过上面的一个弯道到一个回廊，之后的道路都是螺旋型的，绕着走就可以了。到达第三层的时候看见一个白发的男子，他就是肯恩，但是现在已经成一个叛徒，而且还带了不少手下前来。谁会有耐心一直和他磨嘴皮子，打了再说。战胜之后敌人四散逃跑去搬救兵。为了能更好地阻止敌人，焰决定留下来阻挡敌人，让其它的人直接上去救沙迪克。但是卡琳却认为这是反叛军的事，不想让旅团做得太多，这时敌人已经攻了上来。亚修决定留下来一起对付敌人，让卡琳和莉芙先去救人。
现在玩家要面对的是连战，亚修和焰将面对联系三波敌人的攻击，三战都不好打。不过注意在前两仗中拖住不要使用幻兽变，否则最后一战在没有幻兽变的情况下会变得很难打。几张仗之间把握好时间给自己的队员补血。这里的战斗需要亚修和焰完全拖住敌人。
三战之后，视角转换到莉芙和卡琳的一方。她们需要在最短的时间内直接冲到第七层。注意中途一直向上走而不要向下，否则会遇上太多防守的敌人。通过一个有柱子的地方后向左走，来到第五层的时候会遇上很多闪电精，注意这些敌人的攻击力很高。通过之后继续向上走，但是却再也找不到路了。卡琳找了很久也没能找到路，但莉芙想起两个没有上锁的房间有些蹊跷。这时莉芙突然觉得这次的行动有些不对，这里被关押的是沙迪克首领和艾佛隆的铁甲面公爵刚刚是两个人，赶紧上顶层，果然在这里找到了沙迪克，而裘卡也在这个时候将他和铁甲面公爵全放了出来。沙迪克需要的蓄魂弹在这个时候也已经完成了，卡琳意识到蓄魂弹是拥有强大力量，会产生大爆炸的武器。这时众人也终于明白原来沙迪克因为罪人之塔是国王军的象征，于是设计这次营救活动，趁机把罪人之塔炸掉，鼓舞反叛军的士气。
与此同时，消灭了大量敌人的亚修和焰却遇上了麻烦的敌人。一个绿头发，叫做奥塔的女人来到，原来她是王国军光辉四将军之一。这女人上来没一会就变成了幻兽，但是亚修在这个时候却没有办法再变身，虽然焰鼓励他用人类的力量去战斗，但是最终还是败下阵来。就在这时，莉芙和卡琳等人赶到了。众人一起联手终于击败了再次幻化的奥塔(注意让莉芙保护亚修，因为战斗需要他的幻化力量)。
战败的奥塔在走之前还不安分，趁机偷袭了莉芙，但奇怪的是莉芙居然没有受任何的伤。战斗结束后众人离开了罪人之塔，沙迪克决定炸掉罪人之塔，让守军和塔一起消失。但是莉芙却在这个时候突然晕了过去。
第八章：莉芙垂危
王国历776年，反叛军摧毁了王国的象征罪人之塔，并且连续拿下两个大的据点，一场正面的交锋迫在眉睫。
克拉斯镇，已经得了热病的卡琳让亚修去给莉芙买些礼物，但是亚修居然不知道卡琳已经病了。没有买礼物经验只有出去四处转转。到一家花店之后视角转换到沙迪克一方。原来沙迪克和军师西尔迪一起来到了克拉斯镇。一阵对话之后，沙迪克让军师去看看莉芙是怎么回事。西尔迪一看就说莉芙是中了雾毒。而这种毒是在神话时代传说由黑雾魔王夏容的血所做成的毒。中毒的人会因为体温过高直到最后死亡。只有找到圣灵派教主温蒂妮才有可能救活她，目前能做的只是用针灸的方法让莉芙血液循环与新陈代谢的速度变慢，拖延时间。而与此同时，身在梦境之中的莉芙却梦见了自己的姐姐，当她从这噩梦中醒来时，看见了亚修买给她的仙人掌娃娃。
作为圣灵派信徒的焰当然知道如何去找温蒂妮，他决定带莉芙直接横越克拉斯后面的世界树遗迹，以最短的路程前往北方为莉芙解毒。而沙迪克让卡琳和亚修和他们一起去，要他们最后护送莉芙回到圣灵之都。
做好一切准备之后，亚修一行人准备前往有世界树遗迹之称的安第斯山脉。
神秘的地方，一个男人和一只怪物在交谈着，他们讨论着罪人之塔的倒塌的缘故，也说到了已经灭亡的萨利昂文明里的魂移之石。
第九章：世界树遗迹
从克拉斯镇的旅店出来后向左边走就能够来到安第斯山脉的入口。这里不愧被称为世界树的遗迹，老树盘根式的巨树在这里交错蔓延，进入之后只能在树根上行走。
安第斯山脉内部其实是一个大迷宫。进去后在第一个路口往左走(右边又是一个循环的迷宫，进去后就是你倒霉了)，通过迷宫之后来到顶层，世界树顶的风景果然不同凡响，在这美景之下，大家讨论起了当初放弃人类的光辉女神爱思特尔所创造的神上界，在传说中它是由耸立在世界上的四根’神柱’所支撑，是很多冒险者向往的地方，因为那里没有战乱、痛苦、和琐事，只有音乐和美丽的妖精，所以成为了凡人最希望能够前往的地方。但是因为人类的魂移技术触犯了光辉女神，神上界已经风光不再了。
离开安第斯山脉，就可以来到乐欧镇。从村口的女孩处得到一个奇怪的信息：穿过树林的一句诗树影纷扰难判矣，叶影页页难辩矣，唯有一轮明月晰，映影相随不变矣。原来树海之后就是约鲁高地，要通过那里必须有特殊的方法才行。先到了再想办法吧！从乐欧镇下方的出口离开，之后来到迷雾森林(为什么这森林这么受欢迎，这么多游戏都有)。
迷雾森林是一个比较大的迷宫(第一个入口有存盘点)，地图之间通过传送点进行传送，但是如果走出一个就会被送回起点(即有存盘点的地图)。迷宫共八层，正确的走法为：左→中→右→右→左→右→中→左。从第八层左边进去后就是倒吊者之塔。
第十章：倒吊者之塔
这个倒吊者之塔简直就是让人不停战斗的地方。在这里的战斗相当的频繁，而且敌人多为火系。让莉芙的破魔弹去对付就比较容易了。经过好长一段路，终于走到了倒吊者之塔的核心之处，在这里众人见到开始游戏一个镜头里那个和神秘男人对话的怪物。这个怪物称自己叫穆伢，他要众人的魔力才肯让大家通过雾之树海。可是这怎么行，不过莉芙已经看出它所使用的是吸魂之阵，而一旦使出这个阵无法把大家的魔力吸走，那施法这的能力就会大减。趁机打吧。这一战注意相互的协助，亚修的震撼弹和莉芙的睡眠弹可以让它无法进攻。这样打起来就简单多了。
战胜这个怪物后，它竟然要使用死之灵魂呼唤。这术法能无声无息地摄人之魂的魔法，但是这终极死亡魔法在施法前的一闪让莉芙发现了，因为莉芙使用了时逆之眼。紫梵的时逆之眼，能够看到下一秒将会发生的事情，而温蒂妮感觉到这邪恶的魔法。在莉芙的坚强意志的抗衡之下，穆伢终于逃走了，但是傻头傻脑的卡琳居然认为这穆伢是王国军派来的。反正是猜测，继续前进吧。走过最后一段路之后就来到了冰原。
第十一章：冰原之吻
冰原之上一片白皑，但是这里却有一个村庄，更让人惊奇的是，这里的居民全部是企鹅(好可爱啊，不知道能不能拿来当宠物)。这里只有莉芙能够听懂它们的话，所以什么都得让她来翻译了。从企鹅这里知道到圣灵之都必须要渡船，而企鹅们知道怎么使用渡船，只要每人给100元就行了。不过企鹅们还要先准备一下，四处转转吧。
莉芙从村子下方出去，见到亚修一个人站在冰原上。两个人又聊起来，亚修说他好象曾经来过这里，而莉芙则告诉亚修自己小时候的事。交谈中莉芙陷入到自己的回忆之中，回忆关于自己姐姐的故事，她说自己很恨自己的时逆之眼。因为她能看到她姐姐最后因为一个刚刚出生的小女孩而改变，也看到自己的父亲因为自私的改变。而正是因为姐姐走后莉芙自己没有能掌握好时逆之眼，错误地估计了精灵之兽的降临时间而导致约鲁浩劫，那张浩劫死了3000多人，包括莉芙的双亲。那一次，击退精灵巨兽的正是翡翠所在的旅团。但是之后姐姐因为她的关系还是离开了，莉芙因此也发誓不使用血液里继承的力量，要自己锻炼强大，这样才能找回姐姐。
说完自己的故事，莉芙问了亚修奇怪的问题，但是突然将心里的话喊了出来，那语言里虽然是对亚修是一块木头的埋怨，但是却充满了她对亚修的感情。在她向亚修表明了自己的感情之后，亚修给了她深深的一吻。
卡琳等人这时已经在码头边等两个人回来，她看到莉芙红着脸回来，居然以为她是雾毒又发了。不过莉芙说了几句话就敷衍了过去。之后大家就启程了。
伦国王首都，伊甸，那怪物和奥塔又在说着什么，穆伢让奥塔去圣灵之都一趟，去找紫梵。
企鹅船上，卡琳和企鹅们在拌嘴，而莉芙和亚修就在一边缠绵去了。但是精灵巨兽的出现却打破了这平和。精灵巨兽追上了企鹅船，一战难免了。可是想不到的是，在战胜精灵巨兽之后亚修叫着翡翠的名字掉下船去，而莉芙也跟着跳了下去。卡琳和焰没有去追他们，因为他们觉得先去圣灵之都更重要。
亚修又陷入了昏迷之中，但是他终于知道梦中的绿发女孩就是翡翠。
第十二章：亚修“复活”
当亚修“醒来”的时候，发现自己在北极的精灵之地。这是一个可以让人恢复记忆和意识的地方。在亚修的意识深处，有一个名为圣夜王弥塞亚的人在和他交流着。精灵之地是一个小迷宫，地图分成上下两层，从上面的传送点走到达精灵风暴世界。在这里亚修想到了树、大海、天空，想起了自己是光明幻兽使依莉特与神之子伊札的孩子，但是在亚修的心中他却憎恨神上的诸神，离开了天上界，他背叛了雅玲丝姐姐的期望，用北神柱的力量来到了这里。
迷茫中的亚修进入了塔内，在最后一个冰洞中他见到了圣夜王弥塞亚，她说自己是为了保护亚修的记忆而与命运签定了契约。要解除的契约，就必须战胜她。双方都以幻兽来作战，亚修最后终于战胜了她，并恢复了自己的全部记忆。亚修终于知道自己的真名叫那鲁，在他的心里只有翡翠，因为翡翠是他第一个接触并接受他的人类，他的一切都是为了翡翠，过去翡翠是为了保护那鲁而与精灵巨兽作战的。可是，这究竟是为了什么呢？那鲁醒来了，他看见莉芙和杰诺站在自己的旁边，原来是杰诺救了他们两个。
另一方面，西尔迪正在和公爵艾佛隆讨论其领地里中立城市不夜之城的事。因为反叛军想用水蓝进攻伊甸，而不夜之城就成为水蓝停靠的地方。艾佛隆对这件事一口答应，但是却不愿意在必要的时候帮助反叛军进攻伊甸。更关键的是，因为反叛军要使用神煌炮，如果没有一个奇怪的建筑内的移魂技术(即移魂之石)是不可能使用的。虽然艾佛隆没有答应，但是他说在不夜之城的大商户可以帮他们。公爵还推算出奇怪的建筑物可能是南方塔塔木里斯岛的英灵殿遗迹。
第十三章：新旅程
恢复记忆的那鲁不知道该如何向莉芙解释所发生的一切，而莉芙此时对那鲁的变化丝毫不知，而那鲁让杰诺暂时不要告诉莉芙。这个时候风雪已经小了，杰诺决定送两人去圣灵之都，只是大家必须步行过去，而且中途还有个敌人焰羽龙。
向前走不远就是雪原洞穴。雪原洞穴中共有4个传送点，其中两个是死路，中间走的一个向上分支的是下2层的路，另外一个去冰山雪桥(有存盘点)，存盘后向上面走就是冰原的出口。伦，奥塔向女王请安，同时商议攻打水蓝之事。女王要求他以仁慈的手法以树立王国军的形象，但是奥塔又建议先攻打但丁之城，因为水蓝现在的防守很强，但是自己又有伦的防守后顾，所以无法做出决定。可是在一边的王国第一皇女凡妮亚却在暗暗地诅咒着反叛军军师西尔迪。
与此同时，水蓝之上，西尔迪正在和沙迪克正在商议前往南海群岛寻找神煌炮的事，这时才让人明白原来西尔迪与凡妮亚过去是恋人。
莉芙和那鲁等终于达到了圣灵之都，在这里莉芙见到了自己的艾雷斯老师，艾雷斯说如果再晚几个小时莉芙身上的毒就没得救了。这时温蒂妮要见那鲁。在艾雷斯的引领下，那鲁见到了温蒂妮，温蒂妮不愧是尊师，一眼就看出了那鲁的身份。之后焰来到了，他居然帮穆伢说话，原来是穆伢威胁旅行团的安全，要旅行团把叛军绳之以法。无奈之下，那鲁只能和焰动起手来。这一战十分地艰难，使用幻兽弥塞亚战斗的话情况会好些。但是战胜后那鲁却离开了莉芙在睡了三天三夜后身上的毒终于痊愈了，但是她醒来后得到的却是那鲁他们已经离开的消息。伤感的莉芙走出旅馆，从左边的出口过去到大圣堂的入口，再向左走就是居民区，在这里她见到了杰诺，但是他对莉芙的询问支吾地说不明白，莉芙决定亲自去大圣堂，看当时去见温蒂妮导师的那鲁究竟发生了什么事。
在大圣堂莉芙见到了温蒂妮，在一通有些气愤的话语之后，莉芙终于知道发生了什么事。原来旅团为了保持中立，不与国王军作对，也不攻击身为反叛军的那鲁，为了大局考虑，他们放弃了杰诺村的村民。听到这一切，莉芙忽然觉得世界变成了灰色，心灰意冷的她决定去教堂试炼，组建新的旅团，但是她却不知道，另一边的奥塔居然让那鲁和卡琳参加获得爵位的比赛。
莉芙回到旅馆，准备一下就去大圣堂和艾雷斯战斗，获胜后温蒂妮会授予莉芙的旅团鹫之旅团的称号。有了新的旅团，当然就需要新的成员，莉芙想到了杰诺。去居民区邀请杰诺加入后，莉芙决定去找那鲁，而杰诺建议去铁道镇乘蒸汽火车去但丁城。
第十四章：但丁城之战
到了铁道镇，直接去车站，上了火车后火车很快就开了。火车上莉芙和杰诺说起那鲁，说起时逆之眼。杰诺这时想去了翡翠，同样是因为时逆之眼的关系，翡翠充满着对命运不公的愤怒和抗争。但是就在两人聊着的时候，火车突然停止了。原来战争在这个时候突然爆发了，反叛军正在进攻但丁城，莉芙和杰诺决定前去帮忙，但是却没有遇上多少多少敌人。杰诺一想，可能所有的人都冲神煌炮去了。于是和莉芙赶紧去神煌炮的神殿。从左边城楼的小门来到神殿的门口，但是却看见索罗和沙迪克正在决斗。操作沙迪克战胜后，索罗认出沙迪克所用的武器是雷神剑，因为这把剑有太大的魔力，就在索罗要下杀手之际，莉芙和杰诺冲了出来阻止了战斗的继续。可就在莉芙准备说服索罗不要再战的时候，精灵巨兽来到了。
本来这精灵巨兽已经够难对付了，但是这次因为它浮在空中，一般的攻击根本打不到它。这时莉芙想到了裘卡，她让裘卡先牵制精灵巨兽，等雷神的雷神剑的威力恢复后，就能够攻击它了。这里注意不要急攻，以稳打为重，否则很容易死。获胜后沙迪克的雷神剑威力也恢复了，在神煌炮的配合下，终于将这头巨兽击倒了。与此同时，深入南海群岛的军师西尔迪因为魔法锁的阻挡而没有办法再前进，可是到什么地方去找能开魔法锁的人呢？
战胜精灵巨兽后，沙迪克和索罗终于同意和解，并向莉芙表示了感谢。而这个时候，卡琳却被关在了监狱之中，在这没有用锁的监狱里，卡琳显得是一筹莫展。另一方面，那鲁被迫和奥塔进行着交易，那将是更加难的考验。而莉芙此时和反叛军联合了，但是因为西尔迪不在的关系，公爵艾佛隆拒绝去救那鲁和卡琳。莉芙生气地走开了，裘卡劝莉芙再等一天再说。果然，第二天，沙迪克决定去救那鲁和卡琳。但是由于时间定在晚上，所以他让大家先回去休息。
第十五章：伊甸城
伊甸城中，那鲁正在进行考验中最后的战斗，在战胜东方大幻兽(幻兽碧莎，有名剑魔罗刹)后，她就会加入那鲁。可是完成任务回到牢房的那鲁却因为卡琳不走而不愿意离开自己走，但是此时来到的奥塔却说那鲁是她的弟弟，这究竟是怎么回事啊！
伊甸城外，反叛军的进攻已经开始，沙迪克制定了作战计划，先由神煌炮攻击做掩护，其它人趁机进入牢房中救人，然后从伊甸水道撤退，由蒸汽船将所有人带走。可是没想到刚进入王城内部，女王就预料到有人前来，立刻派凡西妮前去查看，她并不难对付，交给沙迪克就可以了。
莉芙一行人成功地来到了地牢，见到那鲁后什么也别说，带着他们直接从水道逃走吧。可是这边成功的同时，另一边王国军的美羽却出现在沙迪克面前，此人剑术之高非比寻常，沙迪克费尽全力终于战胜了她，但是自己也已经是身受重伤，他以信念支撑着将凡西妮带到了水蓝。幸运的是，莉芙等人的行动还算顺利，从传送点达到水道后继续前走，在第二层的时候会遇上奥塔。轻松战胜她后，奥塔使用瞬间移动术逃走了，但是莉芙等人要乘坐的蒸汽船却因为退潮而卡在了岩石中，正在这个时候王国军的追兵也来到了。无奈之下莉芙使用了时逆之眼增加魔力，再用空间移动魔法将众人送走。而同时，带着凡西妮的沙迪克在悬崖边遇上了穆伢，沙迪克也使用空间移动魔法逃走了。
所有人顺利地回到了水蓝，莉芙因为体力不支而晕了过去。醒转时，沙迪克也带着凡西妮归来。简单的休息之后，西尔迪派人来叫那鲁和莉芙去接受任务，去之前，那鲁答应莉芙等任务结束和她一起去钓鱼。
来到领主宫，西尔迪让卡琳前去解南方岛上的魔法锁。与此同时，圣灵之都内，温蒂妮推算出精灵巨兽即将降临不夜之城，于是让艾雷斯前去阻止。
第十六章：萨利昂的遗产
虽然表面上接受了军师交给自己的任务，但是那鲁并不想做，因为他认为这是反叛军是在利用他，而且他也想卡琳也不要去执行任务。但是卡琳哭着向他说出了自己的故事，并且坚持去完成自己的任务。劝说无用，两天之后，那鲁离开了反叛军，而这时莉芙也知道了那鲁已经恢复了记忆之事，但是她却什么都没问。南方群岛，卡琳帮助军师解开了魔法锁，但是这时却出现了另一块沙迪克的轮回碎片，他一出现引出了一个机器人向众人进攻。同在队伍中的沙迪克以自己的力量对抗它，利用他和卡琳的能力好不容易将这个机器人杀死后，再想前走不远就是萨利昂的遗迹。本来沙迪克只想让裘卡和自己一起进去，但是卡琳也坚持要去，沙迪克只得让她同行。
萨利昂的遗迹的走法比较简单，先走右边的传送点，然后再向上走，会遇到叫做圣法轮的怪物，战胜后沙迪克说出了自己的身世。原来他就是背叛了光辉女神爱丝特尔，以魂移技术引起古世界之战，并且最后杀害了人类世界的救世主精灵王伊轧的被诅咒家庭成员的转生，而他现在是唯一还活着的家庭成员，他的血液中流淌着血轮回之王的力量。这强大的力量来源于菲莉斯多之力，而血轮回的真正秘密就是杀死自己的亲人，以获得强大的力量。
继续向前走就是祭坛了，魂移之石就在这里。击败守护它的怪物，就可以得到魂移之石，这魂移之石就是将’魂’转化为’能’的工具，利用破坏所得到的’魂’将转换成’能’再次发酵，如此无限循环，无限增幅，直到世界上所有的魂都完全死亡。实在是很可怕的法器！
另一方面，没有参与任务的那鲁和莉芙正在钓鱼。谈话中莉芙想让那鲁参与自己的旅团，但是那鲁这个时候却想起了翡翠。就在这个时候莉芙突然一阵不安，天空中焰羽龙出现了。第一仗打起来不是很难，但是随后有大量的焰羽龙在空中出现，看来只能靠战斗来拖住它们了。
就在这个时候，沙迪克等人回来了，但是水蓝之上已经不成样子，一场场的战斗在众人与焰羽龙之间展开。重新回到领主馆，见到凡妮亚正和那鲁，莉芙正在苦战，沙迪克加入后很快取得了战斗的胜利，之后沙迪克用剑刺伤了凡妮亚，水蓝这时已经成功地被防守住了。
第十七章：不夜之城
两个星期后，水蓝成功地移动到了不夜之城。莉芙担心那鲁，于是决定到领主馆去看看。来到领主馆外就看见那鲁和卡琳，从他们的谈话中莉芙知道那鲁确实已经离开了反叛军。
同时，沙迪克放了凡妮亚，目的是想会会西尔法。而最后的胜利就在眼前，如何取得胜利却是一个让人头疼的问题，但是西尔迪却明白，沙迪克已经做了牺牲的打算，来结束自己家族的宿命。带着这样的决心，沙迪克踏上去不夜之城的路，他让卡琳护送凡妮亚回去。而莉芙和那鲁这时也来到了不夜之城。
让人想不到的是，杰诺在这时要和美羽决斗，决斗顶点顶在了广场。此时沙迪克在不夜之城找到了西尔法，原来这两人以前一起做过海盗，现在沙迪克请他出马一起攻击王国军。西尔法答应了下来，并将总攻的时间定在了血红月之日。
决斗的结果是杰诺还是没有办法胜过美羽。可是经过这一战杰诺却学会了不少的东西。可是就在这个时候，精灵巨兽降临了，杰诺和美羽此时站在了同一阵线上，共同对付精灵巨兽。但是第一战的获胜却还只是个开始，精灵巨兽马上复活了。正在两人为难的时候，莉芙、那鲁、焰和艾雷斯都来到了。所有人一起对付精灵巨兽，获胜之后还没来得及有喘息的机会，就传来了西尔法正式对王国军宣战的消息。可是奇怪的是，当沙迪克和艾雷斯见面的时候，他们两个居然是认识的。
第十八章：沙迪克
对沙迪克和艾雷斯的关系觉得奇怪的莉芙在回到水蓝之后直接去了领主馆，在这里她听见了沙迪克和艾雷斯的谈话。知道沙迪克以前也是旅团的人，而这一次艾雷斯的到来是因为温蒂妮感知到沙迪克拿走了魂移之石，但是此石拥有驱赶女神的力量，毕竟最近精灵巨兽的频繁出现也极可能和这件事有关。所以艾雷斯这一次来是想把魂移之石拿回。但是莉芙这时却出来阻拦，而沙迪克也希望他能允许自己再做几件事之后再将其送回。这时大家才知道沙迪克的真正目的是在于在血红月之日不夜之城的战斗引出王国军，自己潜入伦去刺杀国王，以达到颠覆政权的目的。艾雷斯同意了他的要求。
两天后，但丁城墙之上，沙迪克向莉芙讲出了所有的事情：很多年前，有个由人类欧兹卡与美丽的妖精卡贝拉打破禁忌所生下来的孩子，萨利昂，这个孩子从小就因为禁忌的存在被全知全能的光辉女神追杀着，虽然他拥有着大精灵卡贝拉的魔力以及人类欧兹卡的任性，但他依然总归赢不了光辉的神，所以他只有逃，不顾一切的跑到了连光辉女神爱丝特而也追不到禁忌之地，黑雾之道。萨利昂穿越了黑雾之道，没有想到充满着死亡气息的黑雾只后，竟然有一座犹如世外桃源，被称为迷雾的城市。从此他就留在那个充满奇特工具的城市里，并且使用他拥有的继承大自然精灵卡贝拉的魔力帮助那里的人，免去不定时出现的黑雾毒的威胁。萨利昂一生都在那里帮助普通人民。当然，就在此生活的他也和迷雾城中的女性生下了自己的后裔，从此迷雾城在萨利昂家族的带领下，有了出乎意料的发展。这个时候家族中出现了一名叫洛西迪欧的天才，而他发现了在黑雾之道底端的’异端之力’所诞生的血轮回咒法，这个深深烙印在萨利昂血脉中，代代相传，血轮回就是将亲手所杀的同族之力量，转换加乘于自己身上的力量。而就是这个力量使得迷雾脱离，女神离开了人界，导致精灵王札伊被人类抓住，受以千刃之刑的折磨。但是事事都有因果，在席恩统治了整个国家后，他血腥的毁灭了东王国得到胜利，不愿意归属与伦的血雁一族。而反叛军的目的就是席恩能够把独裁的统治交给个领主组成的世界议会来行使通行。而受到叛国罪而被通缉的哥哥被关押在地牢中，沙迪克终归杀了他，获得了强大的力量。沙迪克被玛雅送回但丁城，而玛雅就是凡妮亚的姐姐，奥塔的主人。而就在沙迪克昏迷的时候，罗杰被国王军处死，反叛军进攻皇宫，杀死了玛雅，于是沙迪克生不如死。在听过沙迪克的身世后，莉芙决定去帮助他。而同时，皇宫之内，大决战即将展开。
在但丁城中将一切整备好之后从但丁城门前往水蓝，在水蓝见到卡琳的时候她说她也要参加战斗，于是让她同行。再到领事馆拿作战计划，最后决定是在涨潮的时候从水道进入伊甸城。知道这些之后去码头，前往水道的船已经在等待。
第十九章：王宫之战
从水道直上王宫，遇到的第一个敌人就是美羽。在获胜之后杰诺上去拦住她以阻止她进一步行动，继续前进到王座的时候穆伢出现了，他用魔法让除了沙迪克以外的全部人都置身事外，留下沙迪克和国王席恩单独决战。但是被穆伢带走的众人却已经开始和穆伢打了起来，获胜之后才是沙迪克和席恩的战斗。
但是战斗的获胜却引发了更加重大的事件，杀死席恩的沙迪克突然感到有力量冲进了自己的体内，原来血轮回的力量开始发作了，而裘卡就是血轮回的追杀者。就在这个时候，所有的场景转换了，在极北之海最深处，众人终于明白当年为什么会出现那场大灾难，这里就是精灵王扎伊的死亡之地。穆伢这时问沙迪克问题，如果回答错误就会永远死亡。可是沙迪克却说出自己是命着旅团的人。而这时莉芙终于明白了穆伢的真实身份，圣精灵紫梵和邪精灵穆伢，都是精灵王的仆人。而莉芙就是紫梵的转世，但是莉芙只继承了双眼，而真正的化身竟然是旅团领导人温蒂妮，她一直带着精灵王对人类的憎恨，随时的报复人类。
穆伢给沙迪克的问题是：一个是我最重要的人，一个是最重要的人牺牲所有也要保护的东西，我该选择那一样？而穆伢更承诺，如果沙迪克能够在20年后阻止精灵王，那么他将满足他一个愿望。
就在沙迪克迷茫的时候，时间倒流了，沙迪克见到了童年的自己。回归之后，他回答穆伢说自己想要个国家，而但丁之城就是为了满足他的这个愿望而生的。可是更让人惊异的还在后面，莉芙一直相信的温蒂妮居然是精灵巨兽的创造者。精灵巨兽其实就是紫梵。
时间在倒流中继续述说着曾经的故事。垂死的赫而兹向自己的儿子沙迪克说自己一直在搜寻遗迹，以寻找打败精灵王的力量，但是一个国家的力量还是太小了，于是奥塔建议去统一全世界，这样就能够比较轻松，而’蒲公英计划’就是以’火种’和’寄生’为目的展开了。12个孩子被送往世界各地，推动炼金的发展，而赫而兹终于说出神煌炮加魂移之石就是打败精灵王的办法，他也让沙迪克成为了血轮回的唯一。
终于清楚了一切的前因后果，但是精灵王却在这个时候出现了在了但丁城，并且很多的精灵巨兽扑向了但丁城。成为血轮回的沙迪克以及众人已经重新传回但丁城，而奥塔这个时候突然出现帮助紫梵攻击众人。那鲁突然想起以前奥塔曾经叫过自己弟弟，于是变成幻兽分向伊甸，与击败穆伢的奥塔大战，获胜后他却发现奥塔的身上有自己的记忆碎片。
与此同时，沙迪克用神煌炮和魂移之石也开始进攻，精灵王受了重伤，可是神煌炮却击中了那鲁，让他的心死了。并且神煌炮也不能再使用。莉芙伤心地扑在他的身边，而精灵王的降临也让一切都突兀出来，所有的谜都解开了。
一年后，圣灵之都被精灵王攻陷，而在其之上生出了一棵大树成为了精灵王休息的地方。
莉芙一边，大家正在想办法救回那鲁。有人提醒说在丝婆之座一面爱莉丝之镜可以救醒亚修。莉芙带着众人出发了。进入迷宫后，在第一层四个出口的地方走最右的一个到第二层，向下走在一个大分岔路走右边，在走过最后一个岔路就可以看到爱莉丝之镜，打倒守护者镜魔之后就可以得到爱莉丝之镜。
拿到镜子回到水蓝，莉芙一个人进入那鲁的梦境寻找那鲁的意识，经过一翻努力，终于将那鲁找了回来。而此时穆伢决定让莉芙和那鲁前往天上界寻找女神留下的光明幻兽。通过南神柱就能到达天上界。在天上界的女神神殿中虽然又了解了很多的事，但是却没有能找到消灭精灵王的方法。回到水蓝的时候，沙迪克已经回来，最后的总攻即将展开，但是不好的消息却是，焰加入了敌人。第二十章：精灵巨树
出水蓝后，过但丁城来到精灵巨树(有存盘点)。精灵巨树同样是一个迷宫。其走法为：一直直走，在有分支的地方走左面，去找隐藏在树后的传送点，之后再走一段距离就会遇上焰。决战由此拉开了序幕。从这里开始注意，之后遇上的战斗的难度都十分大，任何一仗都以小心稳重为上。
这里将由那鲁单独对付焰，获胜后留下那鲁，其它的人继续前进，下一个对手就是温蒂妮，这一仗有些靠运气，一旦她全体攻击那就可能全不都死掉。恶战之后将面对最后的精灵王。精灵王可攻击部分分成了三个部分，头和左右手。建议按照左右手头的顺序来打，效果会好些。获胜之后奥塔认出了沙迪克所使用的血轮回力量，然而这个时候精灵王已经复活了，而那鲁这个时候也赶了上来。众人一起再次击败他后，战斗还没有结束，亚修想到了雅玲丝的话，普通的幻兽是无法打败精灵王的，而光辉之杖的神之魔法，就是打败精灵王的最终办法，于是亚修决定和精灵王合体，然后在体内召唤幻兽，这样在引导大精灵消灭精灵王。这样大家终于杀了精灵王，但是精灵王却化成了乙太引发乙太风暴，温蒂妮这个时候出现，说这里即将爆炸了，让众人离开。可是已经合在精灵王体内的那鲁却没有办法再出来。莉芙想起了和那鲁所说的话，所承诺的言语，最后她冲进了乙太风暴中，在一片大爆炸后，一切都结束了。
一年后，铁甲公爵成为了大陆联合议会的总理事，新的王国被建立。当年参与战斗的所有人都有了自己的归属，卡琳和凡妮亚在争多沙迪克，但是却是裘卡带走了他的生命，而温蒂妮放弃了尊贵的身份和焰走在了一起，美羽和杰诺开始交往。可是莉芙呢？
一年前，莉芙进入了乙太风暴，走到尽头见到了奥塔和那鲁，当奥塔再重回人间的时候，留给她的只有伤痛的回忆。最后她将生存的希望给了那鲁，在莉芙的深情之吻下，那鲁重新活了过来。不过留在人世的已经不再是那鲁，而是亚修！