沉没之城的结局有三个，分别是灭绝，打破循环，牺牲。灭绝结局里男主角选择把自己贡献给海怪，结束自己以及整个受灾城镇的痛苦折磨循环。打破循环结局里主角逃出来几十年后，又有异常的怪人来寻他，他的命运依然会再次被牵涉到洪灾之地。牺牲结局里查理最终选择一死百了，坠落于万丈深渊，循环再次重复。
