噬神者3剧情的结局是总督迫害age组织，然后age被逼无奈自爆造成了大灰爆，想要和所有人一起同归于尽，之后女儿开机甲成功阻止灰爆，但是机甲失控，于是主角团阻止暴走的机甲，最后带着女儿安全回家。靠着奇迹的羁绊之力，age和旧人类相互理解，芬里尔总部从独裁制变成议会制，总督职位变成了议长。